1. Universitas Pattimura Ambon

Universitas Pattimura merupakan perguruan tinggi yang cukup lama berdiri di Ambon yaitu sejak tanggal 3 Oktober 1956.Kampus ini didirikan untuk mewujudkan cita-cita masyarakat yang ingin menjadi bagian dari pembangunan dalam bidang pendidikan dan ilmu pengetahuan.

Kampus Universitas Pattimura membuka 9 fakultas yaitu Fakultas Teknik, Pertanian, Hukum, Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, serta Perikanan. Ada juga Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, serta Kedokteran, dan Program Pascasarjana. Alamat Universitas Pattimura yaitu di Jalan Ir. M. Putuhena Poka, Ambon.

2. Universitas Darussalam

Mulai berdiri sejak 1981, Universitas Darussalam yang kemudian di singkat menjadi UNIDAR ini. Merupakan perguruan tinggi yang bertujuan mencetak lulusan yang unggul dalam intelektual, ekonomi, dan sosial budaya. Fakultas yang di tawarkan di kampus ini yaitu Fakultas Ekonomi, Pertanian, Teknik, Ilmu Sosial, Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Hukum, serta Perikanan dan Ilmu Kelautan.

3. Politeknik Negeri Ambon

Politeknik Negeri Ambon merupakan perguruan tinggi yang menyelenggarakan pendidikan vokasi di ibu kota Maluku, Ambon. Kampus ini berdiri pada tanggal 26 Juni 1982 dengan nama Politeknik Universitas Pattimura dan memperoleh status mandiri sejak tanggal 12 Juni 1998 dan namanya di ubah menjadi Politeknik Negeri Ambon atau Polnam.

Sekarang, calon peserta didik dapat memilih program studi yang lebih beragam antara lain D3 Teknik Sipil, D4 Manajemen Proyek Konstruksi, dan D4 Teknik Konstruksi Jalan dan Jembatan pada jurusan Teknik Sipil. Kampus Polnam berlokasi di Jl. Ir. M. Putuhena, Rumah Tiga, Tlk. Ambon, Kota Ambon.

4. Universitas Kristen Indonesia Maluku (Ambon)

Universitas Kristen Indonesia Maluku yang kemudian di singkat dengan UKIM ini. Juga mengadakan hubungan dan kerja sama dengan universitas, lembaga, badan di dalam dan luar negeri. Antara lain : Vrije Universiteit Amsterdam, Theologische Universiteit Kampen, Netherlands, The Protestant Church di Netherlands, dan lain-lain.

Baca juga : Universitas Terbaik Yang Ada Di Kota Tanjung Pinang

Universitas di Ambon Maluku yang satu ini memiliki lima fakultas dan dua program. Di antaranya ada Fakultas Teologi, Fakultas Teknik, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Ekonomi, Fakultas Kesehatan.

5. Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi Abdul Azis Kataloka (STIA ALAZKA) Ambon

STIA ALAZKA didirikan pada tanggal 19 Januari 1999 dengan tujuan memajukan pendidikan tinggi di Maluku yang mengalami hambatan karena konflik. Sejumlah tokoh masyarakat membentuk Yayasan Tura Bail GoranRiun untuk menyelenggarakan pendidikan tinggi dengan nama STIA ALAZKA.Perguruan tinggi ini beralamat di Jl YPMM Air Besar, Negeri Batu Merah, Kecamatan Sirimau, Kota Ambon.